El índice Nikkei perdió un 0,25% y cerró en 33.338,70, pero recuperó la mayor parte de la caída del 1% registrada anteriormente en la sesión.
El índice más amplio Topix terminó casi plano, con un descenso del 0,01% hasta los 2.306,03 puntos.
"Los inversores intentaron bloquear beneficios tras una fuerte subida", dijo Ikuo Mitsui, gestor de fondos de Aizawa Securities.
"Recientemente, el Nikkei ha tendido a recortar pérdidas porque todavía hay muchos inversores que quieren aumentar sus posiciones en valores japoneses y compran acciones en las caídas, lo que recorta algunas pérdidas o incluso ayuda al índice a invertir el rumbo".
Fast Retailing cayó un 2,54%, el mayor lastre para el Nikkei, después de que informara de un descenso del 3,4% en las ventas en las mismas tiendas durante el mes de junio.
El fabricante de lentes de contacto Hoya perdió un 2,86% y se convirtió en el mayor perdedor del Nikkei.
El fabricante de equipos de fabricación de chips Tokyo Electron cayó un 0,35% y el fabricante de equipos médicos Terumo perdió un 1,61%.
Daiichi Sankyo subió un 6,82% y se convirtió en la mayor ganadora del Nikkei, tras desplomarse casi un 15% en la sesión anterior.
El sector farmacéutico subió un 1,78%, con Sumitomo Pharma saltando un 3,5%.
La naviera Kawasaki Kisen Kaisha subió un 5,58% e impulsó al sector naviero un 3,42% para convertirlo en el de mejor comportamiento entre los 33 subíndices industriales de la Bolsa de Tokio.
De los componentes del Nikkei, 110 valores subieron y 113 bajaron, y dos se mantuvieron planos. (Reportaje de Junko Fujita; Edición de Savio D'Souza y Nivedita Bhattacharjee)