El grupo del FTSE-100 dijo que Cowgill, presidente ejecutivo desde 2004, dejará su cargo con efecto inmediato.
Dijo que, tras una revisión de la gobernanza, había decidido acelerar la separación de las funciones de presidente y director ejecutivo.
Helen Ashton, directora no ejecutiva de JD y presidenta de su comité de auditoría y riesgo, pasará a ser presidenta no ejecutiva, mientras que Kath Smith, directora no ejecutiva principal de JD y antigua ejecutiva de Adidas, Reebok y The North Face, se convertirá en consejera delegada interina.
JD dijo que el proceso para contratar a un consejero delegado sigue en marcha y que se iniciará un proceso para contratar a un nuevo presidente no ejecutivo.
La empresa había dicho el año pasado que dividiría el papel de Cowgill como presidente ejecutivo y contrataría a un consejero delegado en 2022.
"A medida que nuestro negocio se ha hecho más grande y más complejo, lo que está claro es que nuestra infraestructura interna, la gobernanza y los controles no se han desarrollado al mismo ritmo", dijo Ashton.
"Mientras aprovechamos las grandes oportunidades que tenemos por delante, el consejo de administración se compromete a garantizar que contamos con los más altos estándares de gobierno corporativo y controles apropiados para una empresa del FTSE-100 para apoyar el crecimiento futuro".
A los analistas les sorprendió la brusquedad de la salida de Cowgill.
"Anticipábamos un proceso más gradual: un nombramiento interno para el papel de consejero delegado y que Cowgill permaneciera como presidente para supervisar la transición durante un par de años", dijo Eleonora Dani, analista de Shore Capital.
La semana pasada, JD mejoró sus perspectivas de beneficios.
Las acciones de JD cerraron con un descenso del 6,1%.
