El índice NSE Nifty 50 bajaba un 1,43% a 17.284,75 a las 0349 GMT, mientras que el índice de referencia S&P BSE Sensex caía un 1,45% a 57.944,50.
Los científicos afirmaron que la variante recién identificada puede ser capaz de eludir las respuestas inmunitarias, lo que hace temer brotes de COVID-19 y nuevas restricciones.
También los mercados asiáticos sufrieron su mayor caída en dos meses tras la noticia.
Los automóviles, los bancos y los valores energéticos fueron los más afectados en las primeras operaciones en Mumbai, con subíndices que bajaron entre un 1,5% y un 1,7%.
El índice Nifty Pharma fue el único subíndice que se resistió a la tendencia y cotizó un 0,4% al alza.