Toolgen ha anunciado que ha publicado tres técnicas de vanguardia en revistas científicas de primer nivel. El primer estudio presenta un nuevo ensayo basado en células denominado TAgmentation of Prime Editor sequencing (TAPE-seq) que puede predecir en todo el genoma los candidatos fuera del objetivo de los editores primarios (PEs). Los PEs son potentes herramientas que permiten una edición más precisa del genoma, pero hasta ahora, los métodos para predecir los efectos off-target se han basado en el análisis de la actividad de las nucleasas o nicasas Cas9.

El TAPE-seq de Toolgen es el primer experimento mundial de predicción de efectos fuera de diana en todo el genoma que utiliza directamente PEs. TAPE-seq muestra una menor tasa de fallos y una mayor precisión en comparación con los métodos existentes y puede identificar sitios off-target válidos que otros métodos pasaron por alto. Los resultados se publicaron en Nature Communications en diciembre de 2022.

El segundo estudio presenta un nuevo método de predicción off-target para todo el genoma denominado Extru-seq. Hasta ahora, se han descrito más de 20 métodos de predicción de fuera de diana en todo el genoma para CRISPR, que se clasificaban como basados en células, in vitro o in silico. Había pros y contras para cada método basado en células o in vitro.

El Extru-seq de Toolgen rompió la barrera entre estos métodos al utilizar un extrusor para generar un estado entre el basado en células e in vitro. Como resultado, este método combina las características beneficiosas de los métodos basados en células e in vitro, demostrando una alta tasa de validación y retención de información sobre el entorno intracelular, así como una baja tasa de fallos. Extru-seq puede realizarse fácilmente en tipos de células clínicamente relevantes con poca optimización.

Los resultados se publicaron en Genome Biology en enero de 2023. Por último, el tercer estudio presenta una versión mejorada de una nucleasa Cas9 de alta fidelidad llamada Sniper2L, que tiene una mayor especificidad con una alta actividad retenida. Se han descrito varias Cas9 mutantes que afirman mostrar una especificidad mejorada.

Sin embargo, estudios posteriores han demostrado que existe una correlación inversa entre la actividad general y las especificidades generales de estas proteínas Cas9 mutantes, que se definieron como límites teóricos. El Sniper2L de Toolgen ha superado esta limitación para mostrar altas especificidades sin perder las actividades generales. Esto sitúa las estrategias de patentes de Toolgen en un terreno elevado, ya que ahora Toolgen puede hacer evergreen su patente mediante el uso de su biomejor Sniper2L.

Los resultados se publicaron en Nature Chemical Biology en marzo de 2023. Los resultados fueron seleccionados para una presentación oral (Sniper2L) y dos presentaciones en póster (Extru-seq y TAPE-seq) en la Conferencia de la Sociedad Americana de Terapia Génica y Celular (ASGCT) que se celebrará en Los Ángeles del 16 al 20 de mayo de 2023.