Los enfrentamientos tuvieron lugar en el distrito rural de Mangina, cerca de Beni, el lunes, según informó el ejército en un comunicado el martes.
La seguridad se había deteriorado allí desde el mes pasado, cuando un miembro de la asamblea provincial animó a los jóvenes a tomar las armas, formando una milicia a pequeña escala para oponerse al ejército, según la declaración del portavoz local del ejército, Antony Mwalushayi.
El parlamentario mencionado en la declaración, Alain Siwako, lo negó. Dijo a Reuters por teléfono que los combatientes de la milicia no eran de Mangina y que el portavoz del ejército le había acusado por motivos personales.
El lunes, los soldados que patrullaban fueron emboscados por los jóvenes milicianos y abrieron fuego contra los civiles en los enfrentamientos que siguieron, según el comunicado del ejército.
Un reportero de Reuters contó siete cadáveres de civiles en la ciudad el martes. Un residente dijo que su vecino se dirigía a asegurar su casa antes de huir cuando le dispararon.
"Era padre de dos hijos y murió con el candado en la mano", dijo Kahindo Mbahikya, de 56 años, que sobrevivió a los ataques.
Los seis soldados detenidos "están acusados por el ejército de excesos y del presunto asesinato de 4 civiles", según el comunicado del ejército.
El este del Congo alberga a docenas de grupos de milicianos, algunos remanentes de la guerra civil de 1998-2003.
Las tensiones se han disparado en todo el país desde que el presidente Felix Tshisekedi ganó la reelección en unos controvertidos comicios el mes pasado.
