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El Nikkei terminó con un descenso del 1,46%, hasta los 40.168,07 puntos, con 202 de sus 225 componentes a la baja frente a sólo 23 que subieron. No obstante, el índice sigue apuntando a una subida del 20% en el trimestre enero-marzo.
El Topix, más amplio, cayó un 1,73% hasta los 2.750,81 puntos.
"El mercado se muestra cauteloso ante una posible intervención monetaria. No está claro a qué nivel y cuándo intervendrá el gobierno japonés", dijo Shuji Hosoi, estratega senior de Daiwa Securities.
"Los inversores extranjeros están deseosos de comprar acciones japonesas, pero quieren comprarlas baratas. Así que están vigilando hasta dónde se permite que caiga el yen".
El yen cayó el miércoles a su nivel más bajo en 34 años frente al dólar, lo que llevó a las tres principales autoridades monetarias de Japón a celebrar una reunión de emergencia para discutir la debilidad del yen.
En una sesión informativa posterior, el principal diplomático de divisas, Masato Kanda, dijo que "no descartará ninguna medida para responder a los movimientos desordenados de las divisas".
El yen cotizaba por última vez a 151,375 frente al dólar .
El jueves, el Nikkei también se vio arrastrado a la baja por una serie de valores que dejaban de repartir dividendos, perdiendo unos 260 puntos por ello, según los estrategas.
Las acciones del sector de los chips registraron grandes pérdidas. El productor de silicio Shi-Etsu Chemical fue el mayor lastre del Nikkei con una caída del 3,12%.
El fabricante de equipos de pruebas de chips Advantest cayó un 1,62% y se situó en el segundo puesto, mientras que el fabricante de equipos de fabricación de chips Tokyo Electron completó los tres últimos puestos con una caída del 0,63%.
Fast Retailing, propietaria de la marca Uniqlo, cayó un 0,47%.
Todos menos uno de los 33 subíndices industriales de la Bolsa de Tokio cayeron, y los fabricantes de papel se desplomaron un 6,07% para convertirse en el peor valor.
La minería subió un 0,87%.
