Las autoridades dijeron que apuntó a la tienda porque era un centro en el barrio, predominantemente negro y muy unido.
La acusación se produjo menos de una hora antes de que los miembros de la comunidad tuvieran previsto reunirse en la tienda Tops Friendly Markets -el lugar del tiroteo- para guardar un momento de silencio y rezar para conmemorar el aniversario de dos meses del ataque del 14 de mayo.
La tienda, que desde entonces ha sido totalmente renovada, está prevista para reabrir el viernes.
Diez días después de la masacre, un tiroteo masivo en una escuela de Uvalde, Texas, dejó 19 niños y dos profesores muertos. Siete semanas después de la masacre de Buffalo, siete personas fueron asesinadas a tiros en un desfile del 4 de julio en Highland Park, Illinois.
Los ataques han reavivado un antiguo debate nacional sobre las leyes de armas en Estados Unidos.
El alcalde de Búfalo, Byron Brown, dijo que la reapertura de la tienda Tops era un paso adelante en los esfuerzos de la comunidad por sanar.
"Es importante avanzar como una comunidad unida y fuerte. No dejaremos que el odio gane", dijo.
La acusación federal emitida el jueves acusa a Payton Gendron, de 19 años, de 14 infracciones por delitos de odio y 13 delitos con armas de fuego.
También se enfrenta a 10 cargos de asesinato en primer grado y 10 cargos de asesinato en segundo grado en el tribunal estatal.
