El paro, organizado por el sindicato EVG, estaba previsto de las 3 de la madrugada (0100 GMT) a las 11 de la mañana, aunque se esperaba que la red ferroviaria se viera afectada durante todo el día.
La compañía estatal Deutsche Bahn dijo que todas sus conexiones de larga distancia se cancelarían hasta las 13.00 horas y que circularían pocos trenes de cercanías.
La EVG, que está negociando en nombre de 230.000 trabajadores, busca un aumento salarial del 12%, o al menos 650 euros (715 dólares) adicionales al mes. Deutsche Bahn ha ofrecido un 5% y pagos únicos de hasta 2.500 euros.
Alemania ha sido testigo de algunas de sus huelgas más perturbadoras en décadas desde el año pasado, cuando la guerra en Ucrania disparó los precios de la energía y los alimentos, lo que provocó la presión sindical para que los salarios subieran en consonancia con el coste de la vida.
La elevada inflación también ha exacerbado los problemas laborales en sectores como la aviación, que se han enfrentado a una difícil transición tras la pandemia del COVID-19.
La huelga de transportes del viernes iba a coincidir con un paro en cuatro aeropuertos alemanes - Dusseldorf, Hamburgo, Colonia Bonn y Stuttgart - por parte de miembros del sindicato Verdi.
La huelga del jueves en los tres primeros lugares provocó la cancelación de unas 700 salidas.
(1 dólar = 0,9118 euros)
