El Estado Mayor Conjunto (JCS) dijo que llevó a cabo una operación de búsqueda tras detectar a la persona alrededor de las 21:20 horas (1220 GMT) del sábado en el lado oriental de la Zona Desmilitarizada (DMZ) que separa a las dos Coreas.
"Hemos confirmado que la persona cruzó la frontera de la Línea de Demarcación Militar alrededor de las 10:40 p.m. (1340 GMT) y desertó al Norte", dijo el JCS.
El JCS dijo que no podía confirmar si la persona estaba viva, pero envió un aviso al Norte a través de una línea telefónica militar pidiendo protección.
El cruce de la frontera, que es ilegal en Corea del Sur, se produjo mientras Corea del Norte lleva a cabo estrictas medidas contra el coronavirus desde que cerró las fronteras a principios de 2020, aunque no ha confirmado ningún contagio.
Surgió un revuelo público y político después de que las tropas norcoreanas mataran a tiros a un funcionario de pesca surcoreano que desapareció en el mar en septiembre de 2020, por lo que Pyongyang culpó a las normas antivirus y pidió disculpas.
Dos meses antes, el líder norcoreano Kim Jong Un declaró una emergencia nacional y selló una ciudad fronteriza después de que un desertor norcoreano que, según él, tenía síntomas de COVID-19 cruzara ilegalmente la frontera hacia el Norte desde el Sur.
Los prolongados cierres del Norte y las restricciones a la circulación interprovincial también han hecho que el número de desertores norcoreanos que llegan al Sur sea el más bajo de la historia.
Las relaciones transfronterizas se agriaron después de que las negociaciones de desnuclearización entre Pyongyang y Washington se estancaran desde una cumbre fallida en 2019.
Corea del Sur y una fuerza de la ONU liderada por Estados Unidos siguen técnicamente en guerra con Corea del Norte desde que la Guerra de Corea de 1950-1953 terminó con un armisticio en lugar de un tratado de paz.
