El presidente Julius Maada Bio calificó el derribo del afamado árbol de "gran pérdida para la nación" mientras la multitud se congregaba para contemplar el tronco destrozado.
El "Árbol del Algodón" era el hito más importante del país de África Occidental que fue fundado por esclavos americanos liberados.
Se cree que cuando esos esclavos llegaron en barco a finales del siglo XVIII, se reunieron bajo sus ramas para ofrecer oraciones antes de instalarse en su nuevo hogar.
"Los primeros colonos lo consideraban un símbolo de libertad y libertad", escribió el presidente en Twitter.
"Tendremos algo en el mismo lugar que sea testimonio del lugar que ocupa el gran Árbol del Algodón en nuestra historia. Todas las voces se unirán para ello".
El ceibo estaba en medio de una rotonda en el centro de Freetown, cerca del museo nacional y de la oficina del presidente.
El transeúnte Victor Tutu Rogers dijo a Reuters que vio caer el árbol hacia las 21.40 horas (2140 GMT) del miércoles.
"Soplaba el viento y llovía con fuerza. Me apresuré a rodear el algodonero cuando venía del trabajo, porque temía que se cayeran las ramas", dijo.
"Poco después hubo un fuerte relámpago y oí un fuerte estruendo: el sonido del árbol cayendo detrás de mí".
El jueves, las ramas y los escombros ya habían sido retirados, dejando sólo un tocón.
"Como municipio era muy simbólico, el lugar donde celebramos nuestra acción de gracias anual cada noviembre para ofrecer oraciones y para muchos otros acontecimientos", dijo el Administrador Jefe de la ciudad, Festus Kallay.
"El horizonte de Freetown difícilmente volverá a ser el mismo".
