Más de 200 efectivos de seguridad, entre policías y militares, habían sido desplegados para contener la situación después de que más de 20 personas resultaran también heridas en los disturbios del jueves, según la policía.
La situación era "manejable" pero estaba siendo controlada, declaró en un comunicado el portavoz de la policía de la provincia de Papúa, Ignatius Benny Ady Prabowo.
Los disturbios habían comenzado después de que los lugareños, enfadados por los rumores sobre el secuestro de un niño, empezaran a lanzar piedras contra la comisaría de Wamena, donde se encontraba detenido un hombre acusado de secuestrar a un niño de seis años, según había declarado anteriormente.
La policía convocó a los padres de la niña para aclararles que estaba a salvo, pero eso no logró frenar la violencia y otros edificios fueron incendiados en la zona, añadió.
Las fuerzas de seguridad respondieron abriendo fuego, matando a 10 personas e hiriendo a 23, dijo Benny.
Amnistía Internacional en Indonesia pidió una investigación, afirmando que eran lamentables las muertes de civiles "y también el uso excesivo del poder por parte del aparato estatal allí presente".
El jefe de policía de Papúa pidió disculpas por las muertes.
Las tensiones se han disparado en Papúa, que es una de las zonas más pobres del país, después de que los rebeldes separatistas secuestraran a un piloto neozelandés.
El ejército indonesio ha dicho que estaba preparado para llevar a cabo una "operación de imposición de la ley" como último recurso para liberar al piloto si las negociaciones no conseguían su liberación.
Los separatistas han librado una lucha de bajo nivel por la independencia desde que la región, rica en recursos y antaño gobernada por los Países Bajos, pasó a estar bajo control indonesio tras un controvertido referéndum respaldado por las Naciones Unidas en 1969.
