Oxford Nanopore Technologies plc anunció una colaboración con 10x Genomics, para permitir un flujo de trabajo racionalizado para la secuenciación de transcritos de longitud completa en lecturas únicas en dispositivos Oxford Nanopore altamente accesibles. Esto proporcionará a los usuarios la capacidad de abarcar características tales como genes de fusión o transcripciones con regiones repetitivas, produciendo datos de secuenciación espacial y de célula única abundantes y rentables. La colaboración abarca la incorporación de los dispositivos PromethION de Oxford Nanopore y de consumibles seleccionados, junto con la preparación de muestras en los dispositivos de 10x Genomics, en el Programa de Socios Compatibles (CPP) de 10x Genomics.

Junto a esto, Oxford Nanopore también ha lanzado un nuevo protocolo de nanoporos de extremo a extremo para una sola célula. Ambas partes creen que esto permitirá una experiencia racionalizada para el cliente y destacará la convincente utilidad de la secuenciación basada en nanoporos junto con los flujos de trabajo de 10x Genomics. El análisis de la heterogeneidad genómica y transcriptómica a nivel unicelular ha proporcionado nuevos conocimientos en muchas áreas de investigación, como la investigación del cáncer, la biología celular, el desarrollo embrionario y la inmunología.

Sin embargo, el uso de la tecnología tradicional de secuenciación de lectura corta puede dejar invisibles para los investigadores ciertos tipos de información como la abundancia de transcritos específicos de cada isoforma. Además, la nota de la aplicación de 10x Genomics describe cómo los datos sobre la llamada de células y la agrupación a partir de la secuenciación de fragmentos largos son comparables a los de las lecturas cortas y, tras un análisis más profundo de los datos de la secuenciación de fragmentos largos, fue posible identificar con precisión las isoformas expresadas de forma diferencial entre los tipos de células. Las lecturas de secuenciación con nanoporos resuelven estos retos, permitiendo la secuenciación de extremo a extremo de transcritos de longitud completa en lecturas únicas, que abarcan características como genes de fusión o transcritos con regiones repetitivas.

Al combinar la potencia de los ensayos unicelulares y espaciales de 10x Genomics con la secuenciación por nanoporos, los investigadores disponen de una nueva y poderosa herramienta para ver las diferencias únicas en la expresión de isoformas, el splicing alternativo, los subtipos celulares, el perfil de los receptores inmunitarios, la transcriptómica espacial y otras aplicaciones emergentes. Los productos de Oxford Nanopore que figuran en la CPP de 10x Genomics incluyen dispositivos PromethION, células de flujo y kits. Además de estos productos, que son compatibles con los ensayos de 10x Genomics, un nuevo protocolo de sólo nanoporos disponible abiertamente significa que los clientes no necesitan utilizar flujos de trabajo de secuenciación largos o complejos para ver la información de las isoformas, lo que puede llevar hasta dos o tres días con otros métodos de secuenciación tradicionales, e incluso algunos enfoques más nuevos.

Ahora, con Oxford Nanopore, los usuarios de 10x Genomics pueden añadir fácilmente una nueva dimensión a sus datos utilizando el enfoque más rápido y rentable de secuenciación de transcripciones de longitud completa. Dado que los análisis unicelulares y espaciales pueden ser increíblemente intensivos en datos y complejos, son ideales para las celdas de flujo y los dispositivos PromethION de Oxford Nanopore, que son capaces de alcanzar los más altos niveles de rendimiento de secuenciación. Un proyecto típico de atlas unicelular es similar a un estudio de genómica poblacional en cuanto a la magnitud de los datos, donde se produce un transcriptoma completo para cada célula individual de una muestra.

Oxford Nanopore ofrecerá ahora la opción de secuenciación de longitud completa de mayor rendimiento para la secuenciación unicelular, con más de 80 millones de lecturas de longitud completa de células por PromethION Flow Cell. En una misión continua para mejorar la accesibilidad a la genómica humana, Oxford Nanopore anunció ayer el lanzamiento de su secuenciador PromethION 2 (P2) Solo, el dispositivo de secuenciación de alto rendimiento más accesible del mundo con el potencial de ampliar en gran medida el acceso a una secuenciación precisa, rápida y asequible para la genética humana y otros conjuntos de datos de mayor tamaño. Con un paquete inicial a partir de 10.455 dólares, el dispositivo P2 Solo es el único secuenciador pequeño de alto rendimiento del mercado, lo que permitirá a cualquier persona ir más allá del análisis básico del ADN al incorporar un análisis más completo.

El P2 Solo puede ejecutar dos celdas de flujo PromethION de alto rendimiento de forma independiente, que son ideales para la transcriptómica unicelular y espacial. Ahora, con Oxford Nanopore, los investigadores que utilizan 10x Genomics tienen la opción de agilizar sus experimentos unicelulares y espaciales, realizando la preparación de la muestra y la secuenciación, sin tener que esperar. Oxford Nanopore también ofrece un PromethION 24 y un PromethION 48, ambos capaces de un orden de magnitud mucho mayor en rendimiento y que pueden emplearse para proyectos de atlas unicelulares más grandes.

Los dispositivos de Oxford Nanopore utilizan la secuenciación por nanoporos de alta precisión de lecturas nativas de cualquier longitud para mejorar la resolución de los resultados, abriendo el mercado de la genómica al dotar a cualquier persona, en cualquier lugar, de datos de secuenciación del genoma completo de alto rendimiento en cuestión de horas en lugar de días o semanas.