Las tres hermanas tienen 9, 6 y 1 año, dijo el instituto en un comunicado el miércoles.
Miembros de la Guardia Nacional de México emitieron primero una alerta por las niñas, según el instituto.
La niña mayor sostenía a su hermana pequeña en brazos cuando fue encontrada por los agentes, dijeron las autoridades.
Funcionarios del consulado salvadoreño en México estaban al tanto del incidente y en conversaciones con las autoridades locales, dijo la cancillería de El Salvador.
El cruce del Río Grande que divide Estados Unidos y México es uno de los últimos obstáculos a los que se enfrentan los migrantes antes de llegar a Estados Unidos, a menudo tras arduos viajes.
Los tres niños fueron puestos al cuidado del Sistema para el Desarrollo Integral de la Familia (DIF) de México, dijo el instituto de inmigración.
