Bruker Corporation anunció importantes lanzamientos bioinformáticos para la proteómica 4D en la plataforma timsTOF: Se desarrolló un novedoso algoritmo de secuenciación de novo en colaboración con Rapid Novor Inc. utilizando más de 1,7 millones de puntos de datos PASEF para mejorar la precisión y la velocidad de la inmunopeptidómica en tiempo real. La sensibilidad inigualable del sistema timsTOF SCP, junto con el nuevo algoritmo PaSER Novor, proporciona un aumento significativo del rendimiento para la inmunopeptidomica, especialmente para muestras de biopsia de tumores pequeños. Con PaSER Novor, Bruker lanza capacidades avanzadas para la inmunopeptídica.

Secuenciación de inmunopéptidos: Secuenciación de inmunopéptidos. La inmunopeptidómica requiere la secuenciación de péptidos que no sean de naturaleza proteolítica a partir de muestras de biopsias de tumores pequeños en la plataforma de sensibilidad ultra alta timsTOF SCP. El espacio de búsqueda de los algoritmos de las bases de datos de proteómica puede llegar a ser demasiado grande para realizar búsquedas precisas, lo que se traduce en una baja reproducibilidad y largos tiempos de búsqueda.

PaSER Novor proporciona la secuencia peptídica a partir de espectros de iones fragmento de novo tras un entrenamiento con más de 1,7 millones de puntos de datos timsTOF para obtener resultados en tiempo real utilizando la plataforma de software de proteómica PaSER de Bruker habilitada para GPU. B. TIMS-DIA-NN 2.0 permite el dia-PASEF sin bibliotecas: TIMS DIA-NN es una versión de DIA-NN centrada en CCS con importantes mejoras. TIMS DIA-NN 2.0 puede ahora procesar datos dia-PASEF en un enfoque sin bibliotecas con una precisión de cuantificación aún mayor gracias a las novedosas capacidades de aprendizaje automático.

Gracias a la colaboración de Bruker con el Prof. Andrew Webb de WEHI, cofundador de Mass Dynamics Pty Ltd. - una empresa de software de Australia, timsTOF 4D-Proteomics puede ahora aprovechar los análisis estadísticos de Mass Dynamics y las visualizaciones interactivas e intuitivas para la extracción de conocimientos en proteómica. Más allá de las listas de grupos de proteínas, los diagramas de volcán, las interacciones proteína-proteína, los diagramas PCA y una miríada de otras visualizaciones facilitan el conocimiento biológico y de las enfermedades.